Špeciálna základná škola v Pezinku vznikla v roku 1949 na návrh Štátneho pedagogického ústavu v Bratislave. V súčasnosti je škola komplexom regionálneho charakteru a je jediným svojho druhu v okrese Pezinok. Z hľadiska organizačných článkov sa v škole nachádza špeciálna materská škola, špeciálna základná škola, praktická škola a Centrum špeciálno-pedagogického poradenstva.
Od 1.1.1997 bola škola zlúčená z Špeciálnou základnou školou v Modre do jedného právneho subjektu ako spojená Špeciálna základná škola Pezinok – Modra /ďalej len ŠZŠ/. Škola v Modra je jej odlúčeným pracoviskom .
Počas svojej existencie právneho subjektu ŠZŠ zaznamenala viacero zmien rozvoja koncepcie a organizačnej štruktúry.
Od 1.9.1997 škola poskytuje aj vzdelávanie pre žiakov z stredným stupňom mentálneho postihnutia v pomocných triedach..
Od septembra 1998 je pri škole zriadené Centrum špeciálno-pedagogického poradenstva, napojené na rozpočet školy, ktorej služby využívajú školy z celého regiónu Pezinok, interní aj externí žiaci.
Školským rokom 2000/2001 sa začalo poskytovať vzdelávanie aj pre deti s ťažkým mentálnym alebo  viacnásobným postihnutím v triedach s individuálnym vzdelávacím programom – variant C.
Od 1.9.2000 sa poskytuje pre žiakov oslobodených od povinnosti dochádzať do školy z titulu vysokého stupňa viacnásobného zdravotného postihnutia vzdelávanie v rodine, alebo v domove sociálnych služieb.
Od septembra 2004 je zabezpečené vzdelávanie pre žiakov s autizmom. Pre nich je vytvorená trieda s individuálnym vzdelávacím programom.
Špeciálna materská škola bola založená v roku 2004 a nachádza sa v školskom komplexe v Pezinku. Prijímame vekovú kategóriu 3 a viacročných detí.
U kategórie žiakov s ťažším stupňom mentálneho postihnutia alebo viacnásobného postihnutia sa môže ustanoviť profesia asistenta učiteľa v triede.
V školskom roku 2006/2007 vznikla pri škole trieda praktickej školy s odbornou prípravou na samostatný spôsob života a práce pre žiakov končiacich povinnú školskú dochádzku v špeciálnej základnej škole.